Wnioski o objęcie pomocą Funduszu złożyć może każdy, również potencjalny beneficjent. Najczęściej czynią to szkoły. Kwalifikacja przeprowadzana jest w oparciu o prezentowane wyniki pracy w zakresie zainteresowań w 4-stopniowej procedurze: opiniowanie wniosków przez poszczególnych specjalistów, typowanie do poszczególnych grup przez zespoły specjalistów i Komisję Stypendialną, składającą się z przedstawicieli różnych dyscyplin, podjęcie decyzji przez Zarząd. Od 1984 roku nominacje są wręczane nowym stypendystom na Zamku Królewskim w Warszawie.

Zgłoszenia do udziału w programu pomocy wybitnie zdolnym w roku szkolnym 2013/2014 przyjmowane są do 15 czerwca 2013. Wnioski o objęcie pomocą Funduszu złożyć może każdy, również sam uczeń. Najczęściej czynią to szkoły. Wszyscy zgłoszeni uczniowie otrzymują list z prośbą o wypowiedź na temat swoich zainteresowań oraz dodatkową dokumentację. Zakończenie rekrutacji oraz ogłoszenie wyników planowane jest na początku października 2013 roku.